¿Las pruebas de COVID-19 han empeorado el problema?

Kevin Ryan
15 DE ABRIL DE 2020

 

La preocupación por el virus SARS-COV-2 que causa la enfermedad llamada COVID-19 se ha centrado en las tasas de mortalidad notificadas. Sin embargo, los errores en la notificación de esas tasas han llevado a la confusión con respecto a los verdaderos efectos sobre la salud. Dado que las tasas estimadas dependen de la prueba utilizada para identificar a los pacientes infectados, la comprensión de esa prueba y su historial podría dar lugar a una claridad muy necesaria.

Los errores en las tasas de mortalidad notificadas se deben a errores de cálculo. Un ejemplo ha sido la equiparación de la tasa de letalidad medida (muertes divididas por los pacientes activamente infectados) con la tasa de mortalidad real (muertes divididas por los pacientes que alguna vez fueron infectados). Este último número se desconoce y no se conocerá hasta que se puedan realizar títulos de anticuerpos para ver quiénes han sido infectados anteriormente.

Pero se espera que la tasa de mortalidad real sea mucho más baja, tal vez alrededor del 0,3%, según la estimación de un epidemiólogo de la Universidad de Stanford.

Otro error común ha sido atribuir las muertes de todas las personas infectadas a COVID-19, independientemente de otras enfermedades preexistentes.

Este error ha sido magnificado por los gobiernos que ordenan que todas las muertes de pacientes presuntos sean catalogadas como muerte por COVID-19, incluso si el paciente nunca fue examinado por el SARS-COV-2 en absoluto.

Los errores de la tasa de mortalidad se agravarían aún más si hubiera errores en las pruebas para detectar la presencia del virus. Lo que está cada vez más claro es que ha habido serias dudas sobre la fiabilidad de esas pruebas.

La prueba en cuestión utiliza una técnica llamada reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa de transcriptasa inversa (RT-qPCR) para identificar la presencia de ARN del SARS-COV-2. Las pruebas siguen protocolos diferentes en los distintos países y el primer problema se observó en China, el origen notificado del virus.


El Misterio Chino

En China se realizó un estudio científico dirigido a sujetos que habían estado en estrecho contacto con pacientes infectados por el SARS-COV-2. Los resultados fueron revisados por pares y publicados en el Chinese Journal of Epidemiology el 5 de marzo de 2020.

La conclusión basada en los datos del estudio fue que "casi la mitad o incluso más" de los pacientes que dieron positivo en las pruebas de SARS-COV-2 no tenían realmente el virus. En otras palabras, la mitad de los resultados fueron falsos positivos.

Para tener una mejor perspectiva, este estudio fue revisado por pares y publicado en una revista estatal china un mes después de que se dijera que COVID-19 había superado la epidemia de SARS de 2003 y justo cuando la Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró que el brote era una pandemia. Esto fue un mes completo después de que China ordenara un cierre que afectó a más de 36 millones de personas.

Misteriosamente, este estudio revisado por pares fue retirado unos días después de su publicación y ya no está disponible para su revisión. En respuesta, un equipo de investigación pidió a un estudiante graduado chino que contactara con el autor principal del estudio, el Dr. GH Zhuang, para que le diera una explicación.

El Dr. Zhuang respondió por correo electrónico pero no citó una razón para retirar el documento, sólo dijo que era "un asunto delicado".

Otros hicieron entonces la falsa suposición de que el autor había identificado un error en la ciencia a pesar de que nunca se identificó tal error.

Como informó el equipo de investigación que contactó con el Dr. Zhuang:

Sin acceso al documento, nadie puede evaluar el valor del trabajo o determinar si sufre de un defecto científico. Tampoco se sabe si el documento fue retirado por razones políticas".

Para comprender el concepto de falso positivo hay que tener en cuenta que los métodos de ensayo analítico deben equilibrarse con respecto a consideraciones de calidad como la sensibilidad y la especificidad.

Si una prueba no es lo suficientemente sensible, el analito de interés no se encontrará cuando esté allí, dando un falso negativo. Si una prueba no es lo suficientemente específica, se identificará otra cosa en la muestra de prueba como el analito de interés cuando no lo sea, dando un falso positivo.

En este caso, un falso positivo podría significar que la prueba está reaccionando a otro virus o fuente genética. Alternativamente, la prueba podría estar detectando la presencia de residuos de SARS-COV-2 después de que un individuo previamente infectado ya no esté enfermo. Por último, incluso cantidades muy pequeñas de contaminación en el laboratorio pueden causar un falso positivo.

Independientemente de la causa, los falsos positivos significan mayores tasas de mortalidad notificadas, más confusión, más miedo y más decisiones malas.

La prueba RT-qPCR para el SARS-COV-2 se utiliza como prueba cualitativa, a pesar de que el nombre de la técnica incluye la palabra cuantitativa. Esto significa que la cantidad real de virus en una muestra no se considera importante, sólo la presencia de una cantidad incluso pequeña de virus. Esta preocupación disminuiría si se dispusiera de los resultados reales de la prueba que muestran los niveles de virus detectados.

Desafortunadamente, todo lo que el público ve son números de determinaciones positivas o negativas.


La guía de la OMS y la prueba

La Organización Mundial de la Salud (OMS) se basó originalmente en las pruebas realizadas con un equipo desarrollado en Alemania, y no en el protocolo chino. Desde entonces, la OMS ha elaborado orientaciones generales para el ensayo del SARS-COV-2.

Esta orientación requiere cierta comprensión de la terminología, por lo que es útil para entender el virus y el principio de las pruebas.

La RT-qPCR implica múltiples pasos. Primero se lisan las muestras (es decir, se cortan las células) para liberar cualquier material viral. Luego el ARN objetivo se convierte en ADN complementario (ADNc) utilizando una enzima llamada transcriptasa inversa. Esto se denomina a veces el paso de "extracción".

Después de esto, el ADNc se utiliza como plantilla para la amplificación mediante qPCR, lo que permite determinar la cantidad original de ARN objetivo.

La amplificación no se hace en toda la secuencia de ADNc, sino en segmentos que se espera sean representativos del genoma específico de interés y, en consecuencia, no representativos de otros materiales genéticos que podrían estar presentes.

Los segmentos del código genético del SARS-COV-2 que suelen ser objeto de ataques corresponden a secciones del ARN original denominadas ORF1a, ORF1ab, S, M, E y N.

Los cebadores sintéticos y las sondas fluorescentes se identifican para que coincidan con los segmentos genéticos objetivo para facilitar la amplificación y la detección. Los cebadores son pequeñas secuencias de nucleótidos que se unen a los segmentos objetivo de la secuencia genética del ADNc. Los cebadores utilizados son fundamentales y los problemas de diseño de los cebadores pueden dar lugar a una variación de los resultados.

Como se describe en un artículo de The Scientist, los cebadores recomendados por la OMS apuntan primero al gen E del SARS-COV-2. Se considera que el gen E es altamente divergente y, por lo tanto, más específico de los diferentes coronavirus. Si un laboratorio que sigue la orientación de la OMS obtiene un resultado positivo en una prueba de detección, realizará pruebas de confirmación dirigidas a otras áreas del genoma del virus. Para evitar falsos positivos, "cada prueba positiva se ha confirmado con la secuenciación del genoma completo, el cultivo viral o la microscopía electrónica".


La prueba de EE.UU.

Desafortunadamente, los EE.UU. decidieron seguir sus propias reglas para la prueba del SARS-COV-2. De hecho, la OMS y los CDC nunca discutieron que los EE.UU. usaran la misma prueba que se hace internacionalmente. Los investigadores de The Scientist descubrieron que "no estaba claro por qué los CDC eligieron desarrollar un ensayo diferente al seleccionado por la OMS y adoptado por otros países". El CDC se negó a responder a las preguntas".

El CDC fue criticado por su decisión y más tarde se encontraron problemas con sus kits de prueba. Aunque el CDC ha mantenido en secreto los detalles, las preocupaciones con su prueba parecen haber incluido tanto los problemas de diseño de la prueba como la contaminación.

El CDC comenzó a fabricar su equipo de prueba en enero y lo envió el 5 de febrero a los laboratorios estatales y a otros 30 países, incluyendo 191 laboratorios internacionales. Una semana después, en una reunión informativa del 12 de febrero en el CDC, se informó de problemas con la prueba. Aunque las declaraciones hechas no fueron claras, parecía que los estados se quejaban de que la prueba era "no concluyente" y por lo tanto el CDC se iba a centrar en "rehacer la fabricación".

Se informó que "el CDC aumentó la confusión al proporcionar información limitada a los laboratorios en las semanas siguientes". Hubo un período de tiempo después de que las pruebas fueron retiradas en el que hubo casi un silencio. Fueron unas dos semanas". Sólo después de una carta abierta al Congreso el 28 de febrero, de más de 100 virólogos y otros especialistas, el CDC respondió permitiendo a los laboratorios independientes que habían validado sus propias pruebas comenzar a hacerlas.

La prueba del CDC incluía originalmente tres cebadores, todos dirigidos a un gen, el gen N del SARS-COV-2 que codifica para la nucleocápside. Los cebadores se denominaron N1, N2 y N3. Las nucleocápsidas de los virus ARN "son estructuras bastante simples que contienen una sola proteína estructural importante... Esta proteína suele ser básica o tiene un dominio básico".

Aunque la prueba del CDC podría haber proporcionado una buena sensibilidad, parece que no proporcionó una alta especificidad ya que se dirigió sólo a un gen básico del coronavirus. El CDC admitió la falta de certeza en una cláusula de exención de responsabilidad que se menciona en el método, diciendo que los resultados positivos "no descartan la infección bacteriana o la coinfección con otros virus". El agente detectado puede no ser la causa definitiva de la enfermedad".

Al principio, debido al secreto de los CDC, los problemas con el kit de prueba eran difíciles de entender. Como informó el Washington Post, "El problema con la prueba del CDC surgió porque el tercer intento de coincidencia, conocido como el componente N3, produjo un resultado no concluyente incluso en muestras conocidas del coronavirus".

Pero esa no fue toda la historia.

El 28 de febrero, mientras se reconocía la carta abierta al Congreso, se informó de que el cebador N3 del kit del CDC estaba contaminado. La contaminación hizo que el control negativo del kit, que contenía ADN que no estaba relacionado con el SARS-COV-2, reaccionara como si fuera un resultado positivo para el SARS-COV-2. En otras palabras, los kits estaban generando falsos positivos para los controles negativos.

No estaba claro cuánta contaminación estaba presente porque, una vez más, los resultados de las pruebas reales que dan las cantidades de virus encontradas no están disponibles para el público. Y el CDC no ha sido abierto con las comunicaciones sobre los problemas encontrados. Curiosamente, en abril, los kits de prueba en el Reino Unido también se encontraron "contaminados con COVID-19".

¿Qué hizo el CDC para corregir los problemas con el kit? En lugar de re-fabricar la cartilla de N3 como se planeó originalmente, el 15 de marzo el CDC simplemente le dijo a todos los que tenían el kit que quitaran la cartilla de N3 y usaran los kits sin ella. Además, el CDC cambió los requisitos del método para eliminar la necesidad de confirmar los resultados positivos.

Esto hizo que el kit de prueba que se basaba en la detección de un solo gen básico en el SARS-COV-2 fuera aún menos específico y dijo a los usuarios que los resultados no necesitaban ser confirmados. Estos cambios hicieron que la prueba fuera menos fiable en cuanto a la identificación del SARS-COV-2 y, por lo tanto, que cualquier estimación posterior de las tasas de mortalidad fuera también menos fiable.


Resumen

La historia de los análisis para detectar la infección por SARS-COV-2 ha implicado problemas que han provocado retrasos en los análisis y en la notificación de las tasas de infección que son falsamente más altas que las reales. Complicando estos problemas están los mandatos del gobierno para que los profesionales médicos enumeren el COVID-19 como causa de muerte para los pacientes que tienen causas de muerte no concluyentes y, en algunos casos, nunca fueron probados para el SARS-COV-2 en absoluto.

La comprensión de los problemas de la prueba realizada para la identificación de los pacientes infectados puede conducir a una claridad muy necesaria y a menos pánico. Hay muchas preguntas que todavía necesitan respuestas. Por ejemplo: ¿Están disminuyendo las tasas de otras enfermedades como la gripe en proporción al aumento de la infección notificada por el SARS-COV-2? ¿Cuáles fueron los detalles del estudio chino que fue misteriosamente retractado? ¿Qué ha revelado la investigación sobre la contaminación del kit del CDC? ¿Qué otros países han basado sus cifras de mortalidad en kits de prueba que proporcionaron resultados poco fiables?

Los ciudadanos pueden ayudar pidiendo a las autoridades y a las instalaciones de pruebas que compartan públicamente los detalles de las pruebas, incluidos los resultados reales de las pruebas de RT-qPCR que muestran los niveles de virus presentes.

Además de compartir la información, debería realizarse una investigación internacional sobre los problemas observados en las pruebas, empezando por los resultados chinos y los kits de prueba estadounidenses. Esa investigación podría llevar a evitar la notificación de falsos positivos y el consiguiente pánico y la mala toma de decisiones que se derivan de las tasas de mortalidad estimadas artificialmente altas.



Fuente: Off-guardian (el artículo original tiene todas las referencias en el texto)